دانشكده پزشكي به عنوان قديمي‌ترين دانشكده دانشگاه علوم پزشکی تهران از ديرباز سهم غيرقابل انكاري در پژوهش ايران داشته است. اگر به اولين شماره مجله Acta Medica Iranica در سال 1956 نگاهي بياندازيم سطح بالاي علمي اين دانشكده مشخص مي‌گردد. ما باور داريم با توجه به سطح علمي دانشجويان ورودي اين دانشكده و توان پژوهشي اساتيد اين دانشكده، مي‌بايست سطح پژوهشي دانشكده پزشكي در حد مرزهاي دانش قرار گيرد. خوشبختانه عملكرد دانشكده پزشكي در كسب افتخارات ملي و بين‌المللي مؤيد اين امر مي‌باشد.

اعتقاد ما در انجام پژوهش‌هايي است كه ضمن ايجاد محيط پژوهشي در گروه‌هاي آموزشي، موجب اعتلاي سلامت نيز گردد و در اين امر رعايت اصول اخلاق پژوهش از هر نكته‌اي براي ما مهمتر مي‌باشد. اين دانشكده با انجام حدود 1000 پايان‌نامه در سال در مقاطع پزشكي عمومي، دستيار تخصصي و فوق تخصصي و فلوشيپ و بيش از 500 طرح تحقيقاتي در سال سهم قابل توجهي از توليدات علمي كشور را به عهده دارد و تعداد 6 نفر از دانشمندان برجسته 1% ISI از اعضاي هيات علمي دانشكده پزشكي دانشگاه علوم پزشكي تهران، سطح و توان پژوهش اين دانشكده را نشان مي‌دهد.

با توجه به رسالت آموزش پژوهش از طريق پايان‌نامه‌هاي دانشجويان، تاكيد بر سطح پژوهشي پايان‌نامه‌هاي اين دانشكده بخصوص در سطح دستياري تخصصي و فوق تخصصي حائز اهميت براي حوزه پژوهشي مي‌باشد.