واحد طرح های تحقیقاتی مفتخر به بسترسازی مناسب برای حمایت از پژوهشگران علوم پایه و بالینی دانشکده پزشکی می باشد. فرایند ثبت و ارسال طرح تحقیقاتی در دانشکده پزشکی بدین شرح است که به منظور دریافت کد اخلاق و تصویب طرحهای پژوهشی و همچنین جهت دریافت بودجه طرح لازم است که ابتدا طرح در محیط پژوهشیار مجری طبق ضوابط ثبت  شود. ثبت پیش نویس طرح پژوهشی در سامانه پژوهشیارتوسط مجری طرح یا استاد راهنمای طرح های منتج از پایان نامه انجام می شود که برای طرحهای منتج از پایان نامه استاد راهنما پس از تایید پروپوزال آن را به طرح پژوهشی تبدیل می کند. ثبت کلیه طرحها به صورت آنلاین بوده و ارسال مستندات از طریق پژوهشیار به داوران  جهت داوری و سپس ارسال به دانشکده پزشکی قابل انجام است طرح های هر گروه قبل از ددلاین جلسات رتبه بندی توسط معاون پژوهشی گروه مربوطه در قالب صورتجلسه ایمیل گردد.

در سال 1401، چهار جلسه جهت تصویب طرخ های پژوهشی تشکیل شده است که از مجموع 219 طرح تصویب شده، 96 طرح منتج از پایان نامه بوده اند. براین اساس، معاونت پژوهشی دانشکده تلاش می کند تا با تخصیص بودجه تشویقی، دانشجویان را ترغیب به تبدیل پایان نامه های خود به طرح پژوهشی نماید و به این ترتیب، امکان مشارکت گسترده و جدی در فرآیند پژوهش را برای آن ها فراهم آورد.