معرفی:
این معاونت وظیفه برنامه ریزی، نظارت و ارزشیابی کلیه برنامه های آموزشی تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ موجود را منطبق با کوریکولوم های مصوب بعهده دارد. همچنین در اجرای دقیق کلیه دستورالعملهای آموزشی ابلاغی از وزارت متبوع و دانشگاه اهتمام می ورزد. دیگر وظایف این معاونت عبارت است از:
-تسهیل و کمک به راه اندازی  رشته های جدید تخصصی، فوق تخصصی و  فلوشیپ
-برنامه ریزی و اجرای ارزیابی درونی برنامه های آموزشی دستیاری و ارزیابی بیرونی درون دانشگاهی
-همچنین برگزاری آزمون های پذیرش فلوشیپ، ارتقاء و گواهینامه  بر اساس سیاست های اعلام شده از سوی دبیرخانه شورای آموزش پزشکی و تخصصی 
تاریخچه:
امور آموزش بالینی دانشکده پزشکی تا قبل از سال 84 تحت نظر معاونت آموزش بالینی اداره می گردید 
در پایان دوره تصدی آقای دکتر سید منصور رضوی که بین سالهای 76 تا 84 سمت معاونت آموزش بالینی را بر عهده داشتند و با توجه به گسترش رشته های تخصصی و فوق تخصصی تصمیم بر آن شد معاونت پزشکی عمومی از معاونت تخصصی و فوق تخصصی مجزا گردد . متعاقبا" جناب آقای دکتر علیرضا استقامتی به عنوان اولین معاون آموزشی تخصصی و فوق تخصصی منصوب شدند پس از زمان تشکیل این معاونت اعضای محترم هیاًت علمی  ذیل عهده دار این مسئولیت بودند .

ردیف نام و نام خانوادگی سالهای خدمت گروه
1 دکتر علیرضا استقامتی 84-86  داخلی
2 دکترسید محمد توانگر 86-88 آسیب شناسی
3 دکترمنوچهر امینی 88-89 داخلی
4 دکتر شهرام آگاه 89-91 داخلی
5 دکتر ام البنین پاک نژاد 91-92 داخلی
6 دکترشروین فرهمند 92-96 طب اورژانس
7 دکتر بابک ساعدی 96-98 ENT
8 دکتر علی لباف 98-02 طب اورژانس
9 دکتر حجت شیخ مطهر واحدی 02-اکنون طب اورژانس