شورای آموزش تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ بازوی مشورتی و تصمیم گیری این معاونت در دانشکده پزشکی است. این شورا از سال 1399 در دانشکده بر اساس آیین نامه مصوب در هیات رییسه دانشکده تشکیل و به صورت ماهیانه تشکیل جلسه میدهد. در این جلسات مهمترین مسایل آموزشی مرتبط مطرح و مورد بحث قرار میگیرد. 
ریاست شورا بر عهده رییس دانشکده است. دبیر شورا نیز معاون آموزش تخصصی و فوق تخصصی دانشکده می باشد. 
دیگر اعضای شورا عبارتند از:

  • نمایندگان معاونین آموزشی گروه ها یا مسوولین برنامه های دستیاری در سه حوزه تخصص، فوق تخصص و فلوشیپ (سه نفر)
  • نمایندگان معاونین آموزشی بیمارستان (دو نفر)
  • مدیر دفتر توسعه آموزش پزشکی دانشکده
  • مسوول واحد ارزشیابی معاونت تخصصی و فوق تخصصی دانشکده
  • کارشناس ارشد معاونت آموزشی تخصصی و فوق تخصصی
  • نمایندگان دستیاران در سه مقطع تخصصی، فوق تخصصی و فلوشیپ


اسامی اعضای شورا در سال 1401:
آقای دکتر علی لباف ، آقای دکتر بیگ محمدی ، آقای دکتر توانگر ،  آقای دکتر امیرحسین امامی ، خانم دکتر رجائی ، آقای دکتر قینی ، آقای دکتر موحدی ، آقای دکتر کریمی یارندی ، آقای دکتر واحدی ، سپیده عبدالملک پور