دانشكده پزشكي به عنوان قديمي‌ترين دانشكده دانشگاه علوم پزشکی تهران از ديرباز سهم غيرقابل انكاري در حوزه پژوهش داشته است. معاونت پژوهشی دانشکده پزشکی، کلیه امکانات و منابع خود را در راستای توجه جدی و همه جانبه به پژوهش و محوری نمودن پژوهش، با هدف تولید و ارتقای سطح دانش و تربیت دانش پژوهان به کار گرفته است. بدین مفهوم که امر پژوهش به عنوان زیربنای اصلی در سیاست گذاری برای همه سطوح فراگیر آموزشی و اعضای هیئت علمی مدنظر قرار گرفته است. براین اساس، بستری برای اجرا و عملیاتی سازی سالیانه بیش از 1000 پايان‌نامه در مقاطع پزشكي عمومي، دستياری تخصصي و فوق تخصصي، فلوشيپ و همچنین بيش از 500 طرح تحقيقاتي فراهم گردیده است. بهره گیری موثر از دانشمندان برجسته و دارای جایگاه ممتاز بین المللی به عنوان مدیران، سیاست گذاران و برنامه ریزان معاونت پژوهشی، رویکردی افتخارآفرین است که دانشکده پزشکی جهت نیل به اهداف خود از آن بهره گرفته است و بدین وسیله سطح پژوهشي دانشكده پزشكي را در حد مرزهاي دانش ارتقا داده است که كسب افتخارات ملي و بين‌المللي مؤيد اين امر مي‌باشد.
با توجه به این که رسالت آموزش پژوهش و پژوهش گری در مقاطع مختلف فراگیران به عهده معاونت پژوهشی است، تلاش گردیده که این مهم از طریق تاكيد بر سطح پژوهشي در حوزه پايان‌نامه‌هاي سطوح کارشناسی ارشد و دکتری رشته های علوم پایه و در سطح پزشکی عمومی و نیز در سطح دستياري تخصصي و فوق تخصصي فراهم آید. همچنین در مورد اعضای هیئت علمی دانشکده پزشکی، معاونت پژوهشی رسالت ایجاد و فراهم سازی بستر و امکانات مناسب برای پژوهش های مبتنی بر نیازهای سلامت جامعه را برعهده گرفته است و در این حوزه علاوه بر برگزاری دوره هایی در راستای توانمندسازی پژوهشی اعضای هیئت علمی، در تامین بودجه مورد نیاز برای طرح های پژوهشی تلاش می کند.
